La Universidad del Valle direccionó su accionar en el pasado con el Plan 1986-2000 el cual dio los lineamientos para que la Universidad iniciara su proceso de regionalización haciendo presencia en varios municipios, se estableciera una oferta más amplia, se diera impulso a la investigación y a la formalización de una planta docente de alta calidad.

Hacia el año 1998, la Universidad del Valle entró en un proceso agudo de crisis que la obligó a realizar una atención inmediata a las urgencias surgidas. Hacia el año 2001 la Universidad inicia su proceso de pensarse a sí misma para determinar un rumbo hacia dónde debería ir en los próximos diez años, iniciando su proceso de construcción del plan de desarrollo con el Proyecto Institucional.

El proceso de construcción del Plan de Desarrollo tomó cuatro años (2001-2005) debido principalmente a la cultura universitaria que requiere tiempos para la reflexión y discusión con el fin de llegar a consensos, la falta de información que se tenía en parte causada por la reducción, reestructuración de la Universidad, el tamaño y complejidad de la Universidad aunado a las luchas de poder al interior de la misma y los diferentes niveles de planificación de las unidades académicas y administrativas.

Con el fin de direccionar la inversión de la Universidad, mientras se formulaba el plan, se elaboró la agenda de acciones 2002-2004.

La formulación del Plan se dividió en siete grandes fases:
1. Los términos de referencia
2. El mapa de Asuntos estratégicos
3. La base de datos
4. El análisis interno y de entorno
5. Los escenarios propuestos
6. El planteamiento de los asuntos, estrategias y programas

La participación y socialización del Plan se dio a través de:
1. Comisiones Temáticas, 2001 - 2003
2. Artículos escritos por un grupo de profesores y funcionarios no docentes, publicado en 2003
3. Aportes de la comunidad universitaria en las Jornadas de Reflexión, 2003
4. Presentación al Consejo Académico del documento Bases para el Plan de Desarrollo de la Universidad del Valle 2003-2010 – borrador para discusión
5. Ronda por las Facultades, 2003 - 2004
6. Presentación y discusiones en el Consejo Académico del documento Bases para el Plan de Desarrollo 2004-2014, en abril de 2004 y conformación de comisión del Consejo Académico para el estudio del plan.
7. Presentación de las Bases del Plan en Claustros (Meléndez y San Fernando) y las Sedes Regionales (Zarzal, Buga y Palmira) 2004
8. Presentación del documento del Consejo Académico Bases para el Plan de Desarrollo 2005-2015, septiembre de 2004
9. Recepción de los aportes de las discusiones en el Consejo Académico de noviembre 18 de 2004 y enero 13 de 2005
10. Aprobación del Consejo Académico, enero 24 de 2005
11. Adopción del Plan Estratégico de Desarrollo 2005-2015 por parte del Consejo Superior, mayo 19 de 2005

A partir de ese momento el plan se ha convertido en el direccionador del accionar y de la inversión de la Universidad hacia unos objetivos comunes, desarrollando capacidades de planeación en diversos niveles de la institución.

Durante la formulación del Plan de Acción e Inversiones 2008-2011 se realizó una actualización al Plan Estratégico de Desarrollo en la cual se realizó una revisión de consistencia y una revisión estratégica que incluyó el direccionamiento de los nuevos planes gubernamentales y el Plan Decenal de Educación, entre otros.

En esta revisión los programas pasaron de 73 a 51 mientras que los asuntos continuaron siendo 5 y las estrategias continuaron siendo 22.

Durante la formulación del Plan de Acción 2012-2015 Por una universidad de alta calidad con perspectiva internacional en la sociedad del conocimiento se realizó una actualización al Plan Estratégico de Desarrollo en la cual se incluyeron cuatro nuevos programas.

En el Asunto Estratégico Calidad y Pertinencia se incluyeron los programas Impulso al área de Telesalud impactando los procesos misionales, Evaluación integral de la docencia y Sistema de gestión de la calidad de los laboratorios de la Universidad. En el Asunto Estratégico Vinculación con el entorno se incluyó el Programa Universitario del Medio Ambiente.

De igual manera, en el Asunto Estratégico Fortalecimiento del carácter regional se fusionaron cuatro programas en el Programa para el desarrollo de las sedes y seccionales.